Der Krankheitsverlauf von Morbus Hunter hängt stark von der Ausprägung ab. Sowohl bei der neuronopathischen, als auch bei der nicht-neuronopathischen Form treten Symptome auf, die mehrere Bereiche des Körpers betreffen, aber nur bei der neuronopathischen Variante hat die Erkrankung Auswirkungen auf das Nervensystem, das Verhalten und die Entwicklung der Betroffenen. Die verschiedenen Symptome, Komplikationen und Komorbiditäten (Begleiterkrankungen) des Hunter-Syndroms erschweren in vielen Fällen eine frühzeitige Diagnose. Meist überschneiden sich die Symptome außerdem mit üblichen „Kinderleiden“ und weisen erst in der Kombination, wie z.B. vermehrte Ohrentzündungen mit skelettalen Veränderungen, auf M. Hunter hin.1,2