Das IDS-Gen befindet sich auf dem X-Chromosom (eines der Geschlechtschromosomen), weshalb M. Hunter als X-chromosomal rezessive Erkrankung bezeichnet wird. Rezessiv bedeutet, dass sich bei einer Frau, die zwei X-Chromosomen besitzt, M. Hunter nur ausprägen wird, wenn beide X-Chromosomen das defekte Gen tragen. Ist nur eins ihrer X-Chromosomen betroffen, wird sie kein Hunter-Syndrom entwickeln. Allerdings wird sie in diesem Fall zur Überträgerin und kann die schadhafte Kopie des Gens an ihre Nachkommen vererben. Bei einem Mann, der ein X-Chromosom mit einem defekten IDS-Gen vererbt bekommt, wird sich der Enzymdefekt des Hunter-Syndroms ausprägen, da er nur ein X-Chromosom besitzt. Das zweite Geschlechtschromosom erhalten Männer stets von ihren Vätern, da es sich dabei um das Y-Chromosom handelt.
Die Wahrscheinlichkeit für die Vererbung des defekten Gens hängt also von mehreren Faktoren ab. Wenn eine Mutter beispielsweise Trägerin des Gendefekts ist, aber selber nicht erkrankt ist, liegt die Wahrscheinlichkeit für eine Vererbung bei 50%. Ihre Nachkommen erhalten zu 50% ihr gesundes X-Chromosom und zu 50% ihr X-Chromosom mit dem defekten Gen. Dies trifft allerdings nur zu, wenn der Vater nicht an M. Hunter erkrankt ist. Es gibt noch einige weitere denkbare Szenarien: